El Hospital Universitario de la Samaritana fué fundado por el profesor Jorge Enrique Cavelier Jiménez durante la gobernación del Dr. Liborio Cuellar Durán. El comienzo de la institución se oficializa mediante la Ordenanza 24 de Abril 28 de 1932, expedida por la Asamblea de Cundinamarca y por Decreto No. 847 de Octubre 5 de 1933.
A lo largo de su historia, el HUS ha pasado por cuatro etapas, todas distintas e importantes. La primera se inicia con su fundación como Seccional del Instituto de Higiene Social de Cundinamarca, especializándose en el tratamiento y control de las enfermedades de transmisión sexual, las cuales representaban un importante problema de salud pública en la ciudad de Bogotá y en el Departamento, dada su alta incidencia, secuelas, tiempo prolongado de tratamientos y mortalidad.
Ante la necesidad de brindar servicios de hospitalización a los pacientes con estas enfermedades, el Dr. Cavelier coordina e impulsa la construcción del Hospital en 1933, pero sólo hasta 1937, terminada la construcción de la segunda planta, se inicia el servicio de hospitalización con capacidad para 80 camas.
La tercera etapa comienza en 1955, cuando cambia su nombre a Hospital Universitario de la Samaritana. El profesor Jorge Cavelier viendo la importancia del desarrollo académico, según lo expresa en el informe de su gestión de 1944: “... la creciente necesidad de nuevos campos de vastos de estudios e investigación... crea el ineludible deber de hacer de los centros hospitalarios instituciones docentes...”, sentó las bases para un desarrollo académico - asistencial formal, consolidándose a lo largo de los años como un hospital de alta complejidad, única institución de referencia para el Departamento de Cundinamarca, con carácter científico y docente altamente calificado, participando en el desarrollo de la medicina en Colombia, consolidando los servicios ya existentes y abriendo nuevos, como la Unidad Renal en 1977, la UCI en 1978 y la Unidad de Gastroenterología en 1979
La cuarta etapa se desarrolló bajo la dirección del Doctor Mauricio Alberto Bustamante García, con el reto de superar la profunda crisis administrativa y financiera en la que se encontraba la institución a comienzos de 1995, cuando la puesta en marcha de la Ley 100 de 1993, crea las condiciones para transformar el Hospital en Empresa Social del Estado, hecho efectuado por Ordenanza 072 del 27 de diciembre de 1995 de la Asamblea de Cundinamarca. A partir de ese entonces, se van estableciendo nuevos retos para el HUS, el más importante comportarse como una Empresa prestadora de servicios de salud, autosuficiente, sin dejar de lado su permanente desarrollo académico, docente y científico, rasgos característicos desde su creación y logros que se gestaron durante la administración del Dr. Germán Augusto Guerrero Gómez, quien ocupó el cargo hasta inicios del año 2012.
La quinta etapa se desarrolló durante la administración del Doctor Oscar Alonso Dueñas Araque, impulsó la renovación tecnológica como una de las fortalezas que permitirán que la ESE Hospital Universitario de La Samaritana con más de 80 años de tradición académica y científica, siga consolidada como una entidad referente del manejo de procedimientos de alta complejidad.
Trabajando además por fortalecer el capital humano, con profesionales y colaboradores, capacitados; capaces de brindar a nuestros pacientes servicios con calidad y calidez, en tiempos óptimos y con eficiencia en el análisis médico, permitiendo así que la institución ha obtenido exitosamente la certificación de calidad ISO 9001.